Durant les années entre 1996 et 2001, notamment pendant les périodes de haute saison (de Juillet à Août), on comptait environ 1600 personnes par jour (1000 touristes et 600 portiers) sur la randonnée du chemin des Incas. Beaucoup de randonneurs ont campé où bon leur semblaient en ultilisant les ruines comme toilettes et abandonnant les déchets le long des ruines.

Durant cette période, le chemin des Incas a beaucoup été critiqué de la part de la presse et surtout de l'UNESCO qui a menacé de retirer au site, son statut de Patrimoine mondial. Dès lors, un réglement entra en vigueur en 2002 par le gouvernement péruvien pour protéger le site. Ce réglement limite le nombre de randonneurs et interdit ces derniers de faire cette randonnée de manière indépendante.