La meilleure saison pour se rendre au Pérou correspond à l'hiver austral (de mai à septembre) sauf pour Lima, la capitale. Pendant cette période, les pluies et la neige sont rares et le ciel est d'une grande luminosité. Les températures sont agréables en journée mais froides, voire très froides, la nui.
Dans la forêt amazonienne, les orages éclatent régulièrement dès midi.
Dans les cordillères autour de Cusco, la météo est au beau fixe de mai à août. Cependant, il arrive que le mauvais temps survienne pendant deux ou trouis jours dans le mois. en juin et juillet, les mois les plus froids, le ciel est d'un bleu profond; au-dessus de 4 000 m, les nuits sont glaciales (entre -5° et -15°C). En outre, août est le mois où le vent souffle le plus fort.
En septembre, les températures nocturnes se réchauffent un peu, mais le temps est plus nuageux : de courtes averses de grêle surviennent souvent en fin de journée.
En octobre et novembre, la nébulosité devient forte, mais les pluies sont encore modérées. Entre décembre et mars, des trombes d'eau s'abattent sur ces montagnes, rendant difficile le trekking.
En avril, l'atmosphère commence à s'assécher et les prairies andines sont d'un beau vert.
La météo est rarement désagréable dans la Vallée Sacrée, située entre 2 800 et 3 000 m. Le soleil n'est jamais bien loin, même en saison des pluies. Cusco bénéficie du même climat que la Vallée Sacrée, quoique plus froid en raison de l'altitude (3 400 m). En juillet, la ville connaît des températures moyennes min/max de 0/19°C.
Le Titicaca bénéficie d'un microclimat : alors que les montagnes aux alentours restent dans les nuages, le soleil règne en maître au-dessus du lac, et en particulier de ses îles. Dans les canyons de Colca et Cotahuasi, l'absence de pluies est quasiment garantie de mi-avril à fin novembre, le ciel restant alors le plus souvent d'un bleu profond.
De décembre à mars, nuages et brouillard encombrent les canyons et cachent les commets; les matinées restent cependant plutôt ensoleillées. Située à 2 330 m d'altitude, Arequipa est la ville du printemps éternel !